Pochi occupanti stranieri furono impopolari in Egitto quanto lo furono i bizantini e questo spiega perché l'invasione araba del 639 d.C. non trovò opposizione in Egitto al di fuori di Alessandria che, essendo di matrice greca, era la sola città in grado di identificarsi culturalmente con Bisanzio.
Nel 639 d.C. le truppe di 'Amr Ibn el-As, del califfato Omayyade, conquistarono la fortezza di Babilonia sul Nilo e l'Egitto fu convertito all'Islam.
Da lì iniziarono la costruzione di Fustat, il germe di quello che diventerà il Cairo, vennero cacciati i Bizantini, per altro mai ben accettati dai copti, e lentamente si diffuse la religione islamica, sebbene ostacolata inizialmente dalla resistenza dei copti.
Successivamente, nell'870, i Tulunidi presero il potere con Ahmed Ibn Tulum, che divenne governatore dell'Egitto indipendente del Califfo di Baghdad e la condizione di tutti gli egiziani migliorò notevolmente. Egli costruì un primo nucleo urbano, la città tulunide, oltre alla moschea di Tulun a nord della città.
Nel 1250 i Mamelucchi, che avevano da tempo costituito la casta militare dell'Egitto, presero il potere che durò a lungo, anche dopo che il paese fu assorbito dall'impero dei turchi ottomani.
La più autentica memoria storica ed artistica della città è rappresentata dalle moschee e dalle madrase, le scuole religiose islamiche, la moschea più antica è quella di Amr, edificata nel 642 da un generale del califfo Omar.
La madrasa del sultano Hassan (1356 - 1362 d.C.), è uno dei capolavori dell'architettura araba, che ospita ancora studenti dei quattro riti dell'Islam sunnita.
L'Egitto rimase sotto il governo turco fino alla spedizione di Napoleone nel 1798 che segnò una breve tregua nel dominio turco: Napoleone, incitando i suoi soldati con la famosa frase "Dall'alto delle piramdi, quaranta secoli vi guardano!" riuscì a vincere i Mammelucchi nella "battaglia delle Piramidi", ma fu una tregua troppo breve per cambiare la storia dell'Egitto.|
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