Pochi occupanti stranieri furono impopolari in Egitto quanto lo furono i bizantini e questo spiega perché l'invasione araba del 639 d.C. non trovò opposizione in Egitto al di fuori di Alessandria che, essendo di matrice greca, era la sola città in grado di identificarsi culturalmente con Bisanzio.
Nel 639 d.C. le truppe di 'Amr Ibn el-As, del califfato Omayyade, conquistarono la fortezza di Babilonia sul Nilo e l'Egitto fu convertito all'Islam.
Da lì iniziarono la costruzione di Fustat, il germe di quello che diventerà il Cairo, vennero cacciati i Bizantini, per altro mai ben accettati dai copti, e lentamente si diffuse la religione islamica, sebbene ostacolata inizialmente dalla resistenza dei copti.
Nel 750 la dinastia degli Omayyadi di Damasco venne sconfitta da quella Abbasside di Baghdad: in questi due secoli l'Egitto venne radicalmente islamizzato e fu introdotto l'uso obbligatorio della lingua araba.
La discriminazione nei confronti dei cristiani e degli ebrei non era però dura perché essi erano l'"ahl el ketab" cioè la "gente del libro" (la Bibbia) nel quale era stata preannunciata la rivelazione divina che era racchiusa nel Corano ed inoltre i cristiani costituivano a quel tempo la maggioranza dei sudditi in Egitto.
Successivamente, nell'870, i Tulunidi presero il potere con Ahmed Ibn Tulum, che divenne governatore dell'Egitto indipendente del Califfo di Baghdad e la condizione di tutti gli egiziani migliorò notevolmente. Egli costruì un primo nucleo urbano, la città tulunide, oltre alla moschea di Tulun a nord della città.
Nel 969 prevalse la dinastia dei Fatimiti, cioè i seguaci di Fatima, la figlia del Profeta, i quali posero la prima pietra della loro capitale e, in onore del pianeta dei guerrieri (in arabo El-Qahir) la chiamarono "Al-Qahira, la Vittoriosa.
Inoltre costruirono al Cairo la moschea di El-Azhar, usata come sede di università, e considerata la più antica e importante università islamica del mondo, tuttora attiva.
Questa nuova dinastia proveniva dal Maghreb (mondo arabo a occidente dell'Egitto) e professava l'Islam sciita che non riconosceva alcuna autorità al califfato: l'Egitto tornò dunque ad essere indipendente e prosperoso in ogni campo, dall'arte all'economia. Una parentesi oscura in tanto splendore fu il regno di El-Hakim, un fatimida che perseguitò il popolo per strapparlo alla fede sunnita e convertirlo a quella sciita. La controversia divideva chi, come i sunniti, voleva salvaguardare il rigido monoteismo di Maometto e chi, come gli sciiti, voleva avvicinare il divino all'umano.
Si accelerò lo sviluppo di una cultura arabo-egiziana e dopo l'anno 1000 si ebbe una conversione in massa degli ultimi cristiani rimasti alla fede sunnita dovuta anche all'angoscia diffusa per le devastazioni inflitte ai paesi arabi dai crociati, dai turchi, dai berberi e dai mongoli.
Nel 1171 il curdo Salah El-Din, da noi comunemente conosciuto come Saladino, rovesciò la dinastia fatimita e fondò la dinastia Ayubite che durò fino al 1250 ed è proprio a Saladino che si deve la costruzione della famosa Cittadella del Cairo.
Nel 1250 i Mamelucchi, che avevano da tempo costituito la casta militare dell'Egitto, presero il potere che durò a lungo, anche dopo che il paese fu assorbito dall'impero dei turchi ottomani.
Tracce dei monumenti di architettura del periodo mamelucco occupano l'area tra il quartiere del Cairo fatimita e le colline del Mokattam: è la famosa Città dei Morti, un quartiere che si è trasformato nel corso degli anni da antico cimitero mamelucco in una delle zone più affollate della città.
La Città dei morti fu inizialmente abitata nel XIV secolo da una comunità di "sufi", mistici musulmani, che vi si stabilirono per trovare la pace e la solitudine indispensabili alle loro meditazioni.
I loro sceicchi scelsero di venire sepolti nei luoghi dove avevano trascorso la vita e le loro tombe iniziarono ad attrarre pellegrinaggi di devoti e seguaci, legati al misticismo di questa comunità di sufi.
L'esplosione demografica, la costante migrazione verso la città del Cairo unitamente alla cronica carenza di alloggi nell'area urbana, hanno trasformato la zona in un quartiere densamente popolato: oggi le tombe ed i loculi sono utilizzati come abitazioni da migliaia di persone.
La più autentica memoria storica ed artistica della città è rappresentata dalle moschee e dalle madrase, le scuole religiose islamiche, la moschea più antica è quella di Amr, edificata nel 642 da un generale del califfo Omar.
Quella di Ibn-Tulum risale all'876 ed è una grande moschea a portici con un lungo fregio sopra il quale vi è una scritta in caratteri cufici che conterrebbe tutto il Corano.
Rappresenta la più antica moschea del Cairo e venne costruita sul
modello della grande moschea di Samarra in Iraq. Al centro del cortile
spicca il padiglione per le rituali abluzioni richieste ai Musulmani prima
delle preghiere, ma tutta l'architettura è sorprendente: le miriadi di
decorazioni in stucco che coprono le arcate, gli affascinanti motivi
geometrici delle griglie delle finestre, la diversità di forma delle
cupole, le splendide fantasie delle forme dei minareti, che fanno del Cairo
una distesa ondulata di cupole, un pettine di minareti arrampicati nel cielo.
La madrasa del sultano Hassan (1356 - 1362 d.C.), è uno dei capolavori dell'architettura araba, che ospita ancora studenti dei quattro riti dell'Islam sunnita.
La moschea azzurra, edificata nel 1346, deve il suo nome alla parete interna decorata di marmi italiani e maioliche persiane verdi e blu su fondo bianco che compongono motivi floreali.
Infine la madrasa di El-Azhar, "La Splendida", sede della più importante università del mondo arabo, tuttora attiva.
Possiamo dire che il medioevo in Egitto si protrasse fino alla soglia del periodo contemporaneo quando, mentre in Europa durante il rinascimento si elaborava la civiltà moderna, l'Egitto cadeva sotto il dominio turco (1517) che lasciò sussistere nel paese la feroce oligarchia militare dei Mammelucchi.
Gli Ottomani affidarono la nuova provincia del loro Impero ad un generale
con il titolo di "pascià" dell'Egitto, comandante dell'esercito di
occupazione e riconobbero i Mammelucchi (anche loro di origine turca) col
titolo di "bey" riscuotendo da loro tributi.
Oppresso da pascià e bey, decimato da epidemie e carestie, il popolo
egiziano dovette subire i tre secoli più duri della sua storia.
L'Egitto rimase sotto il governo turco fino alla spedizione di Napoleone nel 1798 che segnò una breve tregua nel dominio turco: Napoleone, incitando i suoi soldati con la famosa frase "Dall'alto delle piramdi, quaranta secoli vi guardano!" riuscì a vincere i Mammelucchi nella "battaglia delle Piramidi", ma fu una tregua troppo breve per cambiare la storia dell'Egitto.
La spedizione di Napoleone, militarmente fallimentare, segnò però l'inizio delle scoperte archeologiche in Egitto e gettò le basi di quella che sarà la scienza dell'Egittologia grazie a Vivant Denon e alla sua opera "Description de l'Egypte".
Da allora cominciarono viaggi e studi sui monumenti egiziani supportati da opere, spedizioni e ricerche fino al 1822 quando Francois Champollion riuscì a decifrare i geroglifici e a fondare dunque l'egittologia accademica.
Grazie ai racconti dei viaggiatori, alle riproduzioni dei pittori e
soprattutto al lavoro degli studiosi, il numero dei monumenti egiziani
conosciuti era notevolemnte aumentato: la tanto attesa decifrazione fece si
che tutti i monumenti potessero finalmente "parlare" della storia di questa
antica civiltà.
Da quel momento è tutto un avvicendarsi di scoperte e di studi: dalla tomba
di Tutankhamon, al nascondiglio delle mummie reali, al Serapeo di Menfi
fino al salvataggio dei grandi templi di Abu Simbel e File. Alcuni studiosi
stimano che la sopravvivenza dei monumenti egizi sia all'incirca del 10%,
poichè interi templi furono distrutti ed i monumenti del Delta sono
scomparsi, ma le missioni di scavo continuano oggi a lavorare nella
speranza di scoprire ancora antiche testimonianze della civiltà egizia.